Lego Marvel Super Heroes apresenta uma história original que abrange todo o Universo Marvel. Os jogadores assumem o controle do Homem de Ferro, Homem-Aranha, Hulk, Capitão América, Wolverine e muitos outros personagens da Marvel enquanto se unem para impedir que Loki e uma série de outros vilões da Marvel montem uma super arma capaz de destruir o mundo. Os jogadores perseguirão tijolos cósmicos enquanto viajam pela LEGO Manhattan e visitam locais importantes do Universo Marvel, incluindo Stark Tower, Asteroid M, uma base Hydra e a X-Mansion.